建成中国第一个网络安全应急响应组CCERT，为CERNET主干网和清华大学校园网提供安全服务。

开展可信任的互联网安全体系结构和安全监控理论、大规模网络入侵检测与应急响应、恶意移动代码传播模型与控制、反垃圾邮件技术与内容过滤、公钥基础设施（PKI）与应用等方面研究，正在建设国内外第一个“网络安全P3实验室”。

已经开发完成并推广应用园区网身份认证和准入控制系统、网络安全事件处理系统、公钥证书服务系统等。